1. Tugas Pokok IAIN Kudus adalah menyelenggarakan program pendidikan akademik dan/atau profesi, penelitian dan pengabdian pada masyarakat dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi keagamaan Islam.
2. IAIN Kudus mempunyai fungsi:
a. perumusan dan penetapan visi, misi, kebijakan dan perencanaan program;
b. penyelenggaraan dan pelaksanaan tridharma perguruan tinggi;
c. pelaksanaan pembinaan sivitas akademika; dan
d. pelaksanaan administrasi, evaluasi, dan pelaporan.